初识网络药理学
通过数据库获取药物的一系列化合物，并对每一个化合物进行靶点预测，再对预测的靶点注释，进入下游分析，进行生物学功能，进而获取 药物-化合物-靶点 之间相互调控的关系。
药效团模型：基于药效特征元素（氢键受体、氢键供体、正负电荷中心、芳香环中心、疏水基团、亲水基团和几何构象），建立的模型
网络药理学大致分析流程
基于药效团分析
flowchart TB
classDef key fill:#f5704c,stroke:#000000,stroke-width:2px;
subgraph 药物
获取药物化合物结构图 --> 构建药效团模型 --> a[预测活性成分作用靶点]
end
subgraph 疾病
疾病作用靶点 --> b[获取疾病相关基因]
end
a --> c
b --> f & g
subgraph 基因-蛋白
c[靶点注释至蛋白] --> d[蛋白注释至基因] & e[PPI 网络构建]
d --> g[GO/KEGG 富集分析]
f[网络分析]
end
e & f & g --> 解析作用机制
class e,f,g key;
可用数据库
| 网站名字 | 网站地址 | 备注 |
|---|---|---|
| 有效成分获取 | ||
| BATMAN-TCM | http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ | |
| TCM Database@Taiwan | http://tcm.cmu.edu.tw/ | |
| TCM-MESH | http://mesh.tcm.microbioinformatics.org/ | |
| TCM-PTD | http://tcm.zju.edu.cn/ptd/ | |
| TCMGeneDIT | http://tcm.lifescience.ntu.edu.tw/ | |
| TCMID | http://www.megabionet.org/tcmid/ | 偶尔打不开 |
| TCMSP | http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php |
| 网站名字 | 网站地址 | 备注 | ||
|---|---|---|---|---|
| 有效成分作用靶点分析 | ||||
| ALOGPS2.1 | http://www.vcclab.org/lab/alogps/ | 化学性质预测 | ||
| Binding DB | http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp | 小分子化合物蛋白互作亲和力 | ||
| BioGRID | https://thebiogrid.org/ | ppi 化合物相互作用和翻译后修饰 | ||
| CMAP | https://portals.broadinstitute.org/cmap/ | 小分子化合物为主)处理的细胞系进行转录组层面的测序 | ||
| PharmMapper | http://lilab.ecust.edu.cn/pharmmapper/index.php |
| 网站名字 | 网站地址 | 备注 |
|---|---|---|
| 疾病靶点获取 | ||
| DisGeNET | http://www.disgenet.org/web/DisGeNET/menu/home | |
| GEO | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ | |
| GeneCards | <> | |
| IPA | <> | |
| MalaCards | <> | |
| NCBI-gene | <> | |
| OMIM | http://www.omim.org/ |
| 网站名字 | 网站地址 | 备注 |
|---|---|---|
| 靶点互作分析 | ||
| STRING | https://string-db.org/ |
| 网站名字 | 网站地址 | 备注 |
|---|---|---|
| 通路富集分析 | ||
| KEGG | http://www.kegg.jp/ |
| 网站名字 | 网站地址 | 备注 |
|---|---|---|
| 作用机制解析 | ||
| DAVID | https://david.ncifcrf.gov/ |
| 网站名字 | 网站地址 | 备注 |
|---|---|---|
| 可视化 | ||
| Cytoscape | http://www.cytoscape.org/ | |
| Venn diagram | http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ |